贵州航空有限公司股东会现由中国南方航空股份有限公司和贵州省黔晟国有资产经营有限公司组成，其中，南航有贵州航空有限公司股东会60%的表决权，贵州省黔晟国有资产经营有限公司有40%的表决权；贵航董事会由5人组成，南航推荐3人，贵州省黔晟国有资产经营有限公司代表贵州方推荐2人。贵州航空有限公司监事会由3人组成，其中双方股东各推荐1名代表，公司通过职工民主选举产生1名职工代表。