贵航股东会由中国南方航空股份有限公司和贵州航空投资控股集团有限责任公司组成，其中，南航有贵航股东会60%的表决权，航投有40%的表决权；贵航董事会由5人组成，南航推荐3人，航投代表贵州方推荐2人。贵航监事会由3人组成，其中双方股东各推荐1代表，公司通过职工民主选举产生1职工代表。