中国南航集团进出口贸易有限公司下设二级机构14个，分别为行政管理部（党委办公室）、计划财务部、纪委办公室（审计部）、供应链规划部、业务管理部（法律合规部）、供应商管理部、采购实施部、交易中心、电商贸易部、综合保障部、广州南方航空报关有限公司(南航关务管理部)、沈阳南方航空进出口贸易有限公司、中国南航集团进出口贸易有限公司新疆分公司、中国南航集团进出口贸易有限公司北京分公司。